香港守軍全被拘禁在下層的1號、2號與3號船倉，而下層沒有廁所供應。船首為囚禁379名皇家海軍士兵的1號倉；船身為2號倉，總囚禁人數為1077名，包括373名皇家蘇格蘭步兵團第2營（Royal Scots）和366名米杜息士團第1營（Middlesex Rg.）；船尾為3號倉，容納380名皇家炮兵。

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上層船尾設有3個艙口，主要容納778名日軍和25名警衛，船內有一條木樓梯連接上下層，船的甲板亦有廁所設施。

戰俘被分成50人為一個工作小組，每組會由一個屬下的副官負責。3個船倉由三個指揮官分別負責指揮及管理所屬的戰俘，分別為皇家海軍中將Joshua Pollock、米杜息士團第1營高級中將Col Stewart、以及皇家炮兵高級將官Major William Pitt，而其他軍官亦需從旁協助。

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根據作者Catherine Baird Williams編寫 “Dad's Story by Douglas Baird”的個人日記中，曾提及軍官需要每天為各自的組員點名兩次，而日記中的人物正是作者Catherine Baird Williams的父親Douglas Baird，為皇家蘇格蘭步兵團第2營的軍官之一，負責管理當時的第十七組，曾於1942年10月1日早上7時為各組員進行點名。
 

圖2. 皇家蘇格蘭步兵團第2營的軍官Douglas Baird

圖3. 皇家蘇格蘭步兵團士兵Dennis John Morley Hickenbottom（兵籍編號3054454）。可留意相中Dennis身穿黑色制服，為儀杖軍樂用。

由於里斯本丸的艙存量細，戰俘被困在以篷布覆蓋、用木板搭建的船艙之中，他們在擠迫的環境之下只能站著，他們的活動空間不多，舖位之間幾乎沒有位置。倉內只有微弱的燈光。在缺乏食物、水、照明工具等的情況下，他們只好慢慢的在倉內呆等24小時。

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里斯本丸駛離香港之後，日軍曾容許戰俘輪流上到船的甲板吸一吸新鮮空氣和用廁，每次出入人數只限10人。不過，由於當時環境衛生惡劣，途中有多名戰俘身體出現毛病，嚴重的甚至患上痢疾和白喉病。

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根據當時身處在2號倉中的Dennis John Morley Hickenbottom（兵籍編號3054454）憶述，「上層士兵肚瀉而「沐浴」於排泄物中，之後日軍用木板和帆布覆蓋，他們就像活在黑暗之中，呼吸不暢。」